آستان امام زاده یحیی (ع) در دل محله‌ای به همین نام قرار گرفته است و گنبد مخروطی شکل آن وجه تمایز معماری این بقعه با معماری دیگر بناهای مذهبی در تهران است. این آستان که هنرهای مختلف معماری، از جمله آینه‌کاری، منبت‌کاری، مقرنس و کاشی‌کاری زینت‌بخش آن شده، یکی از پر مراجع‌ترین بقاع متبرکه تهران قدیم است و در مناسبت‌های مذهبی مختلف، مراسمی با حضور ساکنان این محله، کسبه بازار و چهره‌های سیاسی و فرهنگی کشور برگزار می‌شود.

چنار کهنسالی که در حیاط این امامزاده قرار دارد، قدیمی‌ترین چنار تهران شناخته شده. به روایتی، بنای آرامگاه امامزاده یحیی به حدود ۹۰۰ سال پیش و به زمان خوارزمشاهیان می‌رسد. مساحت بنا حدود ۱۵۰۰مترمربع است. گنبد کاشی‌کاری شده فیروزهای رنگ و مخروطی شکل آن در اثر گذر زمان از بین رفته بود که در سال‌های ۱۳۵۰هجری شمسی مرمت شده‌است.

آن‌طور که بر روی در قدیمی بقعه در دو کتیبه کوچک به خط ثلث نوشته‌اند، بنای قدیمی در زمان مغولان ساخته شده. در زمان قاجاریه نمای خشتی برج تغییر و ایوان، اتاق‌ها و سایر متعلقات به آن اضافه شد و به مرور سایر تزیینات مثل آینه‌کاری، کاشی و معرق، مسجد و موزه و کتابخانه بقعه به بنایی اصیل با کاربردی امروزی تبدیل شده‌است.

صندوق منبت‌کاری شده عتیقه داخل امامزاده یحیی آنطور که در کتیبه به آن اشاره شده به دستور «ملکشاه غازی» و در سال ( ۸۹۵ه.ق). توســط دو برادر به نام‌های استاد حسین و استاد محمد لواسانی ساخته شده‌است. در دوره پهلوی بقعه این امامزاده تخریب شده بود. اما بعدها وقتی تصمیم به مرمت دوباره آن گرفته شد، پلان و نقشه اصلی ساختمان امامزاده خیلی اتفاقی پیدا شد و همین موضوع به احیای دوباره معماری این بقعه کمک زیادی کرد.

گنبد مخروطی‌شکل و البته کتیبه تاریخی‌ بقعه امامزاده یحیی به سبک و سیاق بقعه دانیال نبی در شهر شوش ساخته شده است؛ سبکی که از معماری دوره خوارزمشاهی الهام گرفته‌است.

در زمان ساخت این امامزاده و دیگر بناهای قدیمی، معماران به این موضوع توجه می‌کردند که آب‌های زیرزمینی و قنات‌ها به ساختمان آسیب نزند. برای همین هم در ساخت‌وساز از سنگ و ساروج استفاده می‌کردند.